Theoretisch schon, falls die verwendete Skype-Version Sicherheitslücken aufweist. Also öfter mal auf der Skype-Homepage schauen ob es neue Versionen gibt oder ein automatisches Update aktivieren (müsste es bei Skype auch geben, bin kein aktiver Nutzer).

Sonst vielleicht einfach Skype so einstellen, dass es nicht automatisch beim Hochfahren des Rechners gestartet wird sondern es manuell selbst gestartet werden muss. Dann kann man natürlich nicht über Skype angerufen werden sondern müsste erst von einem Anrufer eine sms oder Mail bekommen, um den Anruf vorher anzukündigen.